终于抵达湿原市的小智一行人马上前往道馆准备进行道馆挑战。他们对道馆训练家吉宪提出进行道馆赛的要求，却因为对方有事而遭到拒绝，还得陪着吉宪去处理事情...
小智与神奇宝贝们在道馆赛之前进行最后调整，正在集中精神的泳气鼬被皮卡丘练习时发出的绝招命中受了伤。这时候出现了带着浮潜鼬的湿原道馆道馆训练家吉宪。...
小智一行人在草原遇见星形神奇宝贝皮宝宝与美丽的女仆莫妮卡。这时突然下起大雨，大家前往莫妮卡工作的宅邸避雨。大方欢迎他们的屋主羡慕先生，平常会到各地...
小智一行人在吃午餐时遇到天蝎跑来向小智表示要做对战练习。感受到天蝎想要变强的心情，小智开始替它进行特训。受到以前与真司的天蝎王对战产生的影响，对对...
小智一行人前往缘之道馆挑战上次因为道馆训练家不在而无法进行的道馆赛。这次又因为道馆训练家不在所以无法对战，这让小智非常沮丧。突然偶像神奇宝贝风格设...
小智一行人在前往神和镇的途中，在深谷的道路上遇见三只可达鸭。想要通过这条路的小智一行人，被可达鸭们的路霸行为挡住了去路。想要设法通过的小智一行人挑...
小智一行人决定要到天冠山去参加山梨博士主办的神奇宝贝暑期讲座。暑期讲座是个聚集四面八方而来的训练家，让大家在一周内共同生活，与众多神奇宝贝接触学习...
神奇宝贝暑期讲座第三天的课程是观察神奇宝贝。大家要与在讲座附近的湖泊里的水系神奇宝贝接触交流，并且依照班别向老师报告观察结果。小智一行人立刻前往湖...
神奇宝贝暑期讲座第五天的课程，是学习与幽灵系神奇宝贝的正确接触方式。各班同学两两分组，取得放在附近山上遗迹的课程奖牌并带回校区，也就是试胆大会。小...
神奇宝贝暑期讲座最后一天的课程是暑期讲座最大的活动神奇宝贝铁人三项。这是活用在一周内学到的事物与经验，与神奇宝贝合作越过三道难关抵达终点的竞赛。追...