被困在遗迹的N和小智对神奇宝贝有不同的想法。N听到遗迹外神奇宝贝的呼唤后变得焦急，想尽快离开地底遗迹。小智则和神奇宝贝们同心协力，为寻找出口不断挖掘...
荷莲娜和巴贝娜出现在遗迹，她们为了保护N派出哥德小姐和沙奈朵阻止电浆团行动。被称为传说的神奇宝贝雷希拉姆终于复活，脸上充满愤怒的表情。然而阿克罗玛...
跟电浆团决战过后，小智他们回到红豆杉博士的研究所稍作休息。小智决定回去关都地方，艾莉丝为了认识更多龙系神奇宝贝，天桐为了增广见闻，两人都决定跟小智...
小智一行到达了三蜂蜜岛，这座岛出产的由三蜜蜂收集的“三蜂蜜”制成的甜品十分出名。小智一行在上岸后参加抽奖，抽中了随便吃151种三蜂蜜甜品的特别奖。他们...
小智他们决定参加船上举行的海洋杯锦标赛，大会结束后会举行宝石收藏家莉普儿的展览会。小智他们在船上认识了莉普儿，大家到她的房间观赏她最重视的宝石酷豹...
小智一行到达了即将举行扇贝贝王争夺战的扇贝贝岛。扇贝贝王争夺战的胜利者除了可以得到扇贝贝王的称号和金扇贝贝作奖品，还能够跟扇贝贝女王水水可成为情侣...
小智一行在充满浓雾的海域中看到一个十分巨大的神奇宝贝影子。他们在马赫拉本岛打听到在相邻的小岛曾经出现过巨大神奇宝贝，大家立即决定前往该小岛。小岛的...
小智一行为了跟大木博士会和，来到以电浆神奇宝贝洛托姆闻名的洛托姆岛。博士为了撰写有关洛托姆改变型态的论文，希望能在这个岛上收服洛托姆。他们在洛托姆...
火箭队从杰可罗拉轮船的食物仓库偷取高级的食材，被突然出现的蓝鳄、章鱼桶和玛力露丽全部抢走。小智一行人听到警报声后追到了甲板，但是这几个神奇宝贝小偷...
到达迁徙岛的小智一行人，遇见一群铁甲蛹一起进化成巴大蝴，场面十分壮观，这个岛是首席天鹅等会迁徙的神奇宝贝必经之地。小智遇上一只赶不上进化的绿毛虫，...