与波导使者亚玄一起调查钢铁岛异变的小智一行人得知，造成钢系神奇宝贝暴走的原因是覆盖了整座岛的低周波。亚玄那以波导之力防御低周波的伙伴路卡利欧，因为无法阻挡突然发生的强大能源波，失控暴走了。追着路卡利欧而去的小智一行人，看到的竟然是在调查巨大遗迹的银河队干部伙星。银河队的目的是什么？