为了观赏冠军大师防卫战，小智一行人绕到某间神奇宝贝中心遇见好久不见的真司。小智和真司为了小火焰猴而吵起来，他俩决定进行对战。小智以草苗龟挑战真司的老大神奇宝贝乌鸦头头。面对乌鸦头头的强力绝招，小智逐渐被逼入绝境。这时候，接下乌鸦头头攻击的草苗龟，竟然进化成了树林龟。