想夺走传说中宝玉“白玉魂”的银河队突然出现在小智一行人面前，对手有指挥作战的镇星带着山猫神奇宝贝东施喵的伙星，以及无数的大嘴蝠。为了从银河团手中保护宝玉，竹兰派出烈咬陆鲨与海牛神奇宝贝海牛兽，小智一行人也和神奇宝贝们合力对抗。协助研究所警备工作的警官趁乱抢走白玉魂打算逃跑，而他们竟然是变装成警官的火箭队。