小智等人前往浅红市的途中,在森林里认识了忍者学园的学生比久,在比久的邀约下,一行人决定到神奇宝贝忍者学园参加为期一天的体验课程。神奇宝贝忍者学园里的学生们因为栽种的蓝橘被偷走,纷纷开始怀疑突然出现在校园里的爱哭树,认为它的嫌疑最大。蓝橘到底是被谁偷走了呢?