以第三个对战设施对战巨蛋为目标继续旅行的小智一行人，途中来到某座农场。那是专门帮人保管神奇宝贝蛋，孵育并照料的农场。由于小遥从没看过神奇宝贝蛋，所以显得非常兴奋。农场主人的女儿代美梦想成为协调训练家，但又离不开自己生长的地方，对于旅游各地、参加华丽大赛的小遥，不禁露出冷漠的态度…