在前往琉璃市的途中，小智等人来到了一座小岛上。小胜在岛上看到了藤壶神奇宝贝摇蓝百合，追逐未果还与大家走散了。大伙拼命寻找小胜，路上遇到了名叫诸星博士的男子。他从事让古代神奇宝贝复活的研究，还想让大家看看罕见的古虾神奇宝贝太古羽虫的进化。这时，火箭队的人又照惯例跑来捣乱...