在大家搭船前往绿岭市的旅行途中，皮卡丘差点被火箭队抢走。战斗中皮卡丘的电击招引起了爆炸，导致小智一行人与火箭队都被弹飞到海中。这时火岩队的潜水舰突然出现，将小智等人抓了起来。火岩队想利用超古代神奇宝贝固拉多的力量征服世界，可是固拉多已经被水舰队关了起来，而他们则抓到了水舰队寻找的盖欧卡。