在沙漠里执行任务的忍者联合军碰到了大量秽土转生后的忍者，但是这群忍者属于秽土转生实验的失败品，相较于取根这些忍者，他们脆弱不堪，他们的存在目的就是取回被忍者联合军封印的特洛伊。可是在这群转生的忍者中，有好多都是忍者联合军的亲友，他们的出现，让战场产生了混乱，而取根则利用这段混乱的时间，一个人展开了秘密行动。