在调查外太阳系的宇宙船华尔兹号返回地球的数日后，宇航员水野造访了EYES基地，他带来了在P87点附近的小行星上发现的水晶体，而这水晶体，是记录文字的媒介，或许，其中存在着关于混沌病毒的情报。攻击P87点的作战开始了，怪兽艾力加尔再次出现，并且混沌化，日浦下令让队员去保护艾力加尔，自己则一力承担作战任务。