阿笠博士带着少年侦探队来到冈山县仓敷市展开了一场古代史之旅，他们在这里结识了因同学会而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照捡来的暗号进行寻宝时，却发现那五人中的一人突然死亡，另外一个则被当做重要关系人接受调查，根据少年侦探队所找到的时光保存罐以及死者留下的死亡讯息，柯南断定凶手就在剩下的四人中，但要抓住真凶，就必须要找到其他两个时光保存罐。