克朗至尊在施莱德的帮助下在纽约大肆破坏，把无辜的人们都变成了怪物。奥尼尔最好的朋友居然是克朗，这让她无比震惊。多纳泰罗和米开朗琪罗躲在奥尼尔家里，他们看过新闻后更加觉得事态严重。奥尼尔认为这都是她的错，她必须负起这个责任来。李奥纳多和拉斐尔还有凯西还在街上躲避追杀，忍者神龟们要如何做才能让纽约恢复以往的样貌呢？