在切锋市的神奇宝贝中心住宿的小智他们遇到了真司的哥哥‧雷司。久违重逢大家都很感慨，没想到又有更意外的人出现。关都的开拓之脑金字塔法老神代竟然出现在这里。小智他们很高兴的谈起在关都的对战，可是真司一听说小智曾经打赢神代，马上就变了脸色，让人根本无法联想到平常冷静的真司。