小智一行人在水脉市的神奇宝贝中心等待前往木通镇的船。这时他们接到一通电话，是在钢铁岛修行的阿驯打来的。阿驯看来跟平常不太一样，询问之下才的得知，阿驯的帝王拿波突然间开始胡乱攻击。为了帮助阿驯，小智一行人也决定前往钢铁岛。抵达钢铁岛后，神奇宝贝袭击神奇宝贝的景象，让小智他们哑口无言。