为了得到超古代神奇宝贝，火岩队与水舰队对决的时刻终于来临。水舰队的老大水梧桐利用红色之珠让盖欧卡苏醒。另一方面，火岩队握有的可以控制固拉多的蓝色之珠却跟皮卡丘融合为一体。盖欧卡被邪恶之心所操纵失控发狂，这使得火山爆发。而带着蓝色力量的皮卡丘和固拉多发生了激烈冲突。