小智最终挑选了皮卡丘作为自己的第一只神奇宝贝。皮卡丘不是很待见小智，但还是在危急之时救了小智一命，小智和皮卡丘的关系也因此熟络了许多。皮卡丘因为救小智受了重伤，小智急忙带着皮卡丘去常磐市的医院治疗。常磐市经常发生绑架神奇宝贝的事件，犯人是一男一女，他们绑架神奇宝贝似乎另有目的。