打算去搭船的小智一行人，偶然遇见了龙之破坏者蓝葛雷与暴风雪神奇宝贝双倍多多冰。蓝葛雷为了得到能提高神奇宝贝能力的苔癣，正要去种子铁球研究所，被勾起好奇心的小智等人也决定跟她一起去。苔癣是刺果神奇宝贝种子铁球将岩石程分吸入体内后生成的。可是在电石进行测试的房间，突然生出了大量的苔癣，甚至覆盖了研究所。