武藏接到新的任务，去镝矢群岛寻找人类与怪兽的共存之道。光球入侵镝矢群岛却没有被探测出来，发现利多利阿斯出现异常，武藏与池山赶到现场后发现了光球，光球朝着米宁的居住区快速移动。从光球中出现一名少女，她将米宁及武藏吸入光球后消失了。少女使米宁巨大化变成了生物兵器加莫兰，人类所面临的终极考验开始了。