小智一行人想搭上每个月只有几班船的联络船到武斗岛，但是由于小遥的疏忽使得大家没有赶上唯一的船班。小遥为了负起责任，到处寻找开往武斗岛的船只，认识了...
小智一行人搭上了哈奇老人的船前往武斗岛，他们打算在船上好好享受这趟旅程。之后他们抵达了一座半月形的岛屿，晚上在营火旁边一群巨牙鲨在围着他们，当他们...
小智一行人来到武斗道馆，可是道馆训练家藤树却拒绝了小智的挑战，出门去冲浪。气不过去的小智一直纠缠着藤树，最后终于如愿以偿。小智认定藤树是只晓得玩冲...
小智一行人在武斗岛边架设帐篷的时候沙中突然出现了未知生物袭击了他们。小智打算捕获它却因为这个神奇宝贝的强大力量而失败。而且那个生物，还把帐篷给弄倒...
加入了新伙伴无赖神奇宝贝龙虾小兵，小智一行人继续着在武斗岛的旅行和训练。在与火箭队的对战中龙虾小兵发烧了，它需要回到神奇宝贝球里去恢复，但是神奇宝...
为了打败武斗道馆的道馆训练家藤树，小智一行人来到了一座沼泽。来到这里的都得将初学者用的蛋送回培育的地方，这让向来以打工谋生的小刚倍感兴趣。突然火箭...
小智一行人在某个洞窟进行修行的时候不小心激怒了在洞窟里睡觉的大声神奇宝贝吼爆弹。大家急于逃离吼爆弹的追打，小智他们居然与神奇宝贝们走失了。勉强逃到...
小智等人和小田卷博士相遇后，在某个洞窟里面发现了少年和辉的秘密基地，和辉生气想赶跑小智等人。在旁偷窥的火箭队想夺取和辉的秘密基地将其占为己有，突然...
小智他们今天也在和火箭队斗智斗勇。在战斗中小遥的甲壳蛹进化成狩猎凤蝶了，这让小遥高兴极了。可是武藏却非常不服气，因为她疼爱盾甲茧连一点进化的迹象也...