小智一行人来到了阿露福遗迹，在那里他们遇到了大木博士。大木博士的一位学生佐竹请博士来见证一个关于神奇宝贝化石的大发现：被认为已经灭绝的史前水系神奇...
在一座小镇附近，小智救了一只被大嘴雀追赶的波波。原来这是一只波波店的传信波波，小智把波波送还给他的主人小渡。这时波波店收到消息，前往冲野岛送药品的...
为了躲避一场暴风雨，小智一行人跑进了一幢坐落在山崖边上的古堡。这里原来是一间诊疗所，医生安娜小姐运用神奇宝贝的能力为人们诊疗。小刚让自己的超音蝠也...
一位格斗道场的掌门看上小智的妙蛙种子的格斗素质，想要让妙蛙种子与孙女的柯波朗决斗，企图点醒孙女对格斗术上的迷思。就在妙蛙种子与柯波朗准备对战时，士...
小智一行人把所有的神奇宝贝放出来休息泡温泉，正在玩球的菊草叶、火球鼠、小锯鳄却为了追逐滚出去的球，越跑越远，到最后竟然迷路了。这时候火箭队的武藏正...
小智一行人来到了金鱼王钓鱼大赛，小智和小霞都决定报名参加。小霞遇到了一位使用快泳蛙的训练家时夫，他的快泳蛙欺负了小霞的蚊香蛙，还嘲笑小霞的神奇宝贝...
小刚在检查电子信箱时，发现送给自己六尾的神奇宝贝饲育家小雪要来参加一个神奇宝贝选美大赛。小刚决定把六尾还给小雪，并帮助小雪参加选美大赛。与此同时，...
因为吃了太多，小智突然觉得肚子痛。这时一位老人出现了，他给了小智几颗药丸，小智服用后立刻好转了。壶壶老人带领大家回到自己家中，他原来是使用壶壶来制...
小智一行人在途中遇见了小茂，小茂的伊布已经进化成月精灵了。在来到一家神奇宝贝中心不久后，小智所在的城镇突然停电。仔细调查后发现是火箭队占据了发电厂...
小智一行人在途中遇见了一只安瓢虫，这只安瓢虫是属于森林巡逻队的见习生士郎的。这时火箭队突然出现，用新型机器烈暴风五号把波克比和皮卡丘抓走了。士郎和...