小智一行人追踪传说中的神奇宝贝而来到冲岛，他们遇见了小智的劲敌阿弘，和他一起搜寻那只神奇宝贝。他们在海边遇到了一位少年修一，他并不知道传说的神奇宝贝，可阿弘觉得修一在遮掩什么。另一方面，火箭队的南波博士也在策划一个针对传说中的神奇宝贝的阴谋。这只神秘的神奇宝贝到底是什么？