小智一行人再次遭遇了火箭队的袭击，皮卡丘被抓住，小次郎放出双弹瓦斯使用烟幕逃走。小智派出火球鼠并点燃了烟幕，皮卡丘被救回但火球鼠和火箭队都被炸飞。小智赶到神奇宝贝中心，当地的乔伊告诉他传说沙漠中有块可以治疗神奇宝贝的绿洲，受伤的神奇宝贝会自己回到训练家身边。不放心的小智还是跑去寻找那片传说中的绿洲。