小智醒来时看见一只铁甲暴龙在水中游泳，当他叫大伙来看时铁甲暴龙已经消失。随后他们来到一座岩山附近，遇见一位要在岩山中开隧道的女孩。可是在隧道最里面会有渗水，这使得地上系神奇宝贝无法工作。她希望用那只不怕水的铁甲暴龙来挖隧道，小智他们也帮忙捕捉，没想到火箭队又出现了，还把铁甲暴龙给抢走了。