一辆汽车停在了小智一行人身边，从车上下来的是守护切锋神殿的巫女。她告诉大家神殿发生了大事，神代与小智他们赶往神殿，在那里发现了正袭击神殿的神奇宝贝猎人J与手下。他们的目标是传说中在神殿沉眠的雷吉奇卡斯，如果雷吉奇卡斯落入J的手中就难办了。突然，被强制唤醒的雷吉奇卡斯气到发狂开始暴走了。