以漩涡列岛大赛为目标，展开漩涡列岛之旅的小智一行人途中遇到叫做飞太的青年，并得知了大波波岛的事情。这个岛上生活着体型是普通的三倍以上的巨大波波，因为体型过大它们已经失去了飞行能力。在这不可思议的岛上，到底发生什么事了呢？这些波波中有一只正常的波波，它似乎并不甘愿失去飞行能力，它要朝着太阳，飞向从未有神奇宝贝到达的高空。