小智一行人来到一座飞行船总站，一艘巨大的豪华飞行船曼德布鲁号刚刚在这里降落。船上有人寻找神奇宝贝的医生，身为饲育家的小刚自愿前往。找医生的是两位年轻富有的小姐，她们的变隐龙在小刚的照顾下很快康复了。这时，跟随而来的火箭队盯上了船上的财物。小智一行人能否阻止火箭队的恶行？