结束了满场的跑腿之旅，小智一行人终于回到了真新镇。小智把GS球交给大木博士的时候突遇火箭队袭击，将小智他们解救出来的竟然是小智的宿敌：小茂。不服输的小智向小茂发起了挑战，两人之间展开了激烈的神奇宝贝对决。经过一番长途旅行，小智和小茂的能力都增长了许多，小智派皮卡丘对抗小茂的伊布，获胜的将会是哪一方呢？