小智得到了第三个缎带勋章，为了前往下一个道馆所在的绿岭市，一行人搭上了连络船班。然而他们不知自己搞错了目的地，这艘船其实是到达邦巴岛的。在那里，小...
小智等人在前往瑞弗勒岛的途中，发现了搭着小船漂流的跳跳猪。跳跳猪把头上的珍珠搞丢了，神奇宝贝们纷纷潜入海中帮忙寻找，可是怎样找都找不着。此时，出现...
在瓦滋瓦岛的海边，小智等人遇到了一位名叫草也的男性。草也介绍自己是以搜寻海中宝物贩卖维生的宝物猎人。听说草也可能发现了古时沉船的宝物，小智等人马上...
小智等人来到了伊吕波三岛，一行人把没有精神的力壮鸡交给岛上的神奇宝贝中心，在那偶遇了小田卷博士。小田卷博士是来调查在特定岛上，珍珠贝只会进化成猎斑...
小智等人在刚迦岛遇到了一群为了获得格斗胜利，努力锻练肌肉的一群人。小智他们无奈被拖去一起锻炼肌肉。岛上最强的训练家岩清水向小智挑战双打比赛，面对水...
在大家搭船前往绿岭市的旅行途中，皮卡丘差点被火箭队抢走。战斗中皮卡丘的电击招引起了爆炸，导致小智一行人与火箭队都被弹飞到海中。这时火岩队的潜水舰突...
为了得到超古代神奇宝贝，火岩队与水舰队对决的时刻终于来临。水舰队的老大水梧桐利用红色之珠让盖欧卡苏醒。另一方面，火岩队握有的可以控制固拉多的蓝色之...
为了得到第七个徽章，小智等人终于抵达绿岭市，大家前往位于本市的宇宙中心。小智等人在中心里面迷路了，他们遇到在地下训练室做神奇宝贝对战的双胞胎枫和南...
小智终于在绿岭道馆开始了道馆挑战赛，这关系到小智是否能获得丰缘联盟第七个徽章。对手是控制月石与太阳岩的道馆训练家，双胞胎枫与南。小智拿出皮卡丘与大...
以第八个徽章为目标的小智等人在前往目的地琉璃市的途中，路过了一座岛屿。他们正想在其中一家店用餐，在店里偶然遇见了四天王之一的源治，这让小智他们兴奋...