小智终于来到茴香谷，他准备再次挑战对战金字塔。可是神代先生有事在忙，将比赛延到隔天。于是小智一行人前往附近的神奇宝贝中心，在那里受到热爱神奇宝对战...
小智在对战金字塔败给了神代，苦恼不已。此时大木博士来了，看到托给博士保管的神奇宝贝们的加油信息，小智大为感动。可是最打动他的，是劲敌小茂正致力于神...
为了再度挑战神代，小智一行人在茴香谷的神奇宝贝中心忙着进行特训。可是一个人掌管神奇宝贝中心的乔伊小姐突然病倒了，小智一行人便帮忙处理神奇宝贝中心的...
为了再度挑战对战金字塔，小智召回了妙蛙种子、杰尼龟、喷火龙这些老搭挡。他与这些最早收服的神奇宝贝们到山上修行，决定找回初衷，希望藉此得到打倒神代的...
对战金字塔的战斗采用的是四比四的淘汰赛。小智因为神代巧妙地运用大绝招与小绝招而陷入苦战，但他还是以与生俱来的毅力跟神奇宝贝们的默契，把比赛拉到平手...
小智与小遥分别完成自己在对战开拓区与华丽大型庆典的目标，他们为了回故乡，来到了港都梣木镇。小遥与小胜即将渡海，与小智一行人在此地告别。正巧地方上因...
小智与小遥在最后的神奇宝贝华丽大赛的决战交手，两人都尽全力战到了最后。令人讶异的结局引来了观众盛大的掌声，战斗结束之后小智一行人分手的时刻也逼近了...
小光是住在神奥地方的十岁少女，今天是她以新人神奇宝贝训练家身份出去冒险旅行的日子。小光为了拿到第一只神奇宝贝，朝向隔壁镇的神奇宝贝研究所前进，但是...
小光旅行途中撞见了受伤的皮卡丘，本来想收服它，但是却发现皮卡丘已经是有训练家的神奇宝贝。此时火箭队出现开始攻击皮卡丘，小光路见不平救了皮卡丘，之后...
使用刚收服到的姆克儿来寻找皮卡丘的小智，遇上了正在收服姆克儿的少年。这个少年对神奇宝贝的态度让小智感到很不悦，少年提出要和小智做三对三的对战，小智...