小智等人前往浅红市的途中，在森林里认识了忍者学园的学生比久，在比久的邀约下，一行人决定到神奇宝贝忍者学园参加为期一天的体验课程。神奇宝贝忍者学园里...
小智等人抵达浅红市之后，小遥在寻找走失的杰尼龟时偶然认识了阿国嫂。阿国嫂没办法接受丈夫阿勇死于他乡的事实，至今仍在旧车站月台痴痴等待。据说二人是在...
第四个开拓区的对战之日终于来临了。先到达对战水管的小智，却不知道那是火箭队所搭建的假的对战设施。在小智的皮卡丘快被掳走时，出面解危的是开拓之脑的小...
小智他们的下一个目的地是位在金属岛的第五个对战设施对战宫殿，一行人搭船旅行横渡海洋。途中路经香草岛时，得知当地有举办考验训练家与神奇宝贝感情的例行...
小智一行人得知附近即将举行神奇宝贝华丽大赛的消息，他们来到了香草岛另一头的藻玉镇。小遥决定拿下第三个缎带勋章作为目标，初次演出就以小卡比兽做搭档，...
小智一行人前往即将举办下一场华丽大赛的让叶岛。中途路过甘菊岛时，森林蜥蜴因为意外事件与水果神奇宝贝热带龙打架而负伤落败。这时出来搭救它的，是乔伊小...
由于小遥想得到第三个缎带勋章，所以小智一行人来到让叶岛的神奇宝贝华丽大赛会场。在那里他们遇到新人协调训练家若菜，若菜是小瞬的支持者，还把小遥视为劲...
小智一行人来到对战宫殿的所在地金属岛，这座岛上有着广阔的丛林。小智想靠特训来激励蜥蜴王，可是蜥蜴王一直使不出绝招，它沮丧地冲进丛林里。小智追上蜥蜴...
小智一行人终于来到第五个对战设施对战宫殿。开拓之脑宇康建议以广大丛林为对战场地，小智很乐意地接受了。但是面对灵活运用大自然力量的宇康，小智却陷入了...
海上之旅结束后小智等人来到港口城市，他们在那里差点被火箭队的人抢走神奇宝贝。小卡比兽的绝招挥指功使得大家勉强脱离危机，但是在混乱之中皮卡丘、喵喵、...