小智一行人在旅途中经过的城镇莫名聚集了大批人潮，原来是四天王中的阿柳要进行公开练习。观摩之后，小智一行人受邀前往阿柳的训练中心，那里的虫系神奇宝贝...
为了观赏冠军大师防卫战，小智一行人绕到某间神奇宝贝中心遇见好久不见的真司。小智和真司为了小火焰猴而吵起来，他俩决定进行对战。小智以草苗龟挑战真司的...
小智一行人再度来到缘之市。突然有个陌生训练家撞倒了小智，可是那个训练家撞到人却不道歉还跑走了。被撞蒙的小智这时想起了要跟梅丽莎挑战道馆赛，可是梅丽...
小智终于要与缘之道馆的道馆训练家梅丽莎进行道馆赛了。梅丽莎派出的第一只是影子神奇宝贝耿鬼，小智则选择了泳气鼬。虽然泳气鼬对战斗有绝对的自信，可却因...
小智一行人乘坐飞行船抵达水脉市。埋伏在那的火箭队设下圈套，让小智一行人和手边的神奇宝贝都走散了。在走失的皮卡丘面前出现了是火箭队的喵喵，大家对喵喵...
水脉市由众多岛屿组成，小智一行人造访了其中设有水脉道馆的岛屿。虽然提出道馆赛的要求，但现身的人却是有严重黑眼圈的道馆弟子。弟子告诉小智一行人道馆训...
暂时停留在水脉市的小智一行人，和久违的大木博士联络时，听说了这里的森之洋馆饭店有种非常好吃的羊羹“森之羊羹”，大家立刻决定去尝尝看。不巧碰上旅馆停业...
小智他们在等待道馆训练家归来的同时努力特训。小光也为了让小山猪进化而成的野猪神奇宝贝长毛猪在下次华丽大赛出道而展开特训，但是长毛猪却不听小光的话，...
得知道馆训练家已经回来，小智一行人立刻前往水脉道馆。在大家抵达道馆的时候，听见里面传来很大的争吵声。进去一看，在对战场地里的人竟然是水脉道馆的道馆...
小智与道馆训练家东瓜的水脉道馆赛终于要开始了，小智选择小火焰猴、泳气鼬与天蝎王展开对战。东瓜派出的第一只是铜镜怪，而小智则以适性良好的小火焰猴挑战...