小智一行人在神奇宝贝中心再次遇见了百变怪的训练家伊美蒂，美蒂现在已经有第二只百变怪了，她称之为百变瓢，不过这只百变怪的变身后的大小一直保持原样。看见这只百变怪，火箭队又想到了一个阴谋，他们决定偷走这只百变怪。小智他们能够破解这个阴谋吗？